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这个决定，当天晚上就见诸行动了。
他决定断指从佛，不仅在忏悔宿业，更是一种郑重设誓的表示。为了慧远有“莫太惊世骇俗”的告诫；他又决定只在僻处悄悄行事。选中的地点是在塔院，那里是好些老和尚圆寂坐化之处，平日绝无人到，可以不为人见。
约莫三更时分，他从僧寮中悄然而至。明月中天，霜风凄紧；他微微有些发抖。身上冷，心头热，想到从今便如再世做人，一种新生的憧憬，使他兴奋得牙齿都在打颤了。
解开随身带来的布包，先检点用具，一把雪亮的戒刀，一包金创药，一卷新布条，该用的东西，一样不缺。于是，他看准方位，向西天跪下；默默祷告：“弟子明山，生蒙恶业。幸亏慧远师父开示，点醒迷津；自今而后，有生之年，皆为悔罪补过之日。诸天气萨，共鉴愚诚！”
说罢，伸出左手中指，手背向下，平放在地；右手执着戒刀，屏息咬牙，看准指上关节，一刀切了下去，自然是痛彻心肺，但越痛越觉得安慰。意识到这一刀已切断了一身罪孽。
然而此时却不能细辨心中的感觉，丢下戒刀，随即抓一大把金创药，敷覆断处；接着是用牙齿咬住新布条的一端，右手绕卷着扎缚伤口，自觉扎得很紧很结实，收起断指，起身便走了。
这一切不过花了他一盏茶的功夫。神不知鬼不觉地回到了僧寮；而伤处火辣地疼，一阵紧似一阵，终于不由自主地发出呻吟之声。
隔铺的和尚叫广仁，为人心地极慈；惊醒过来，辨出声音，急急问道：“明山，你怎么了？哪里不舒服？”
“没有什么！师兄。”明山答说““只有些口渴；想喝一碗冰凉的水。”
“你莫非发烧？可不能喝冷水！等我到香积厨去讨碗粥汤米你喝。”
僧寮中是通铺，每人所占，不过3尺之地；兼以头抵墙壁，脚心朝外，不比一人一张床，翻身即起。广仁怕吵醒别人，将手一揿，想借把力，挺起身子，便好蛇行下床；那只手一揿下去，湿漉漉地觉得异样，到廊上就着亮光一看，大吃一惊，失色而喊：“哪里来的血！”
这一喊，惊醒了别的和尚；而起身的铁铛亦正好响了起来。点灯相视，只见明山脸如黄腊，左手中指，像个鼓槌，鲜血染得通红；放手之处，亦是一滩鲜血。
“怎么回事？”广仁问说。
“没有什么？”明山装得若无其事似地“受了点误伤。”
“这伤不轻！”另有个懂医道的和尚（是广仁的师兄，名叫广弘）说：“伤口的血没有止住，失血太多，菩萨也难救。”
于是一面报知方丈；一面由广弘为明山疗伤。解开布带，只见中指短了一截，广仁插嘴相问：“是怎么受了误伤的——”
“不是误伤！”广弘立即纠正“创口整齐，又正好在关节上；是看准了切掉的。谁？”他问明山。
“是我自己，与人无干。”明山很快地答说。
“喔！”广弘就暂且不追问了，仔细检视一番说道：“这金创药还不错；可惜敷得不得法。药呢？就用你原来的药好了。”
广仁眼快，发现明山枕边有个布包，伸手一抓，同时问说：“可是在这里面？”
不待明山回答，他已解开布包。戒刀、新布条、金创药和切下来的小半截中指，都在里面。
广弘教用干净木盆，取一盆温开水来；拿新棉花洗净残药伤口，重新敷药包扎，果然将血止住了。
“广弘师！”方丈的侍者来传话：“老和尚发下一丸大罗金丹；止血补血、养精养气，教明山服了，移到方丈后轩疗养。”
广弘如言而行，将明山安顿好了。方丈清净森严之地，等闲人到不得，所以明山等于被隔离了。但越是如此，越有人谈明山，不知他因何断指；更不知慧远老和尚何故对这个看来受戒不久的年轻小和尚，另眼相看？
不仅大家都在猜疑，连明山自己也觉得困惑。想想不当受老和尚这样的宠遇。方丈一寺之主，行事要让大家心服——他听四空谈过一段故事，有座名山古刹，只以寺无恒产，日子过得极苦；然而和尚只有来的，并无走的，就为那里的老和尚处事极公极其。有位施主送了老和尚两个梨，他叫人取两只七石缸，吸满山泉，将那两个梨捣碎了投入缸中，然后鸣钟撞鼓，召集全寺大众，每人在缸里舀碗水喝。这碗水自然淡而无味；可是每个和尚都觉得有浓浓的梨香。这就是大家聚而不散的道理。
这一日夜之间，他也看得出慧远老法师是道行极深、极受爱戴的一位高僧，但设身处地想一想，像慧远这等厚待一个新来的和尚，自己也会不服；口不言而腹诽，日久天长，慧远就管不住大家了。
因此，他困惑之外，亦很不安，不愿意老和尚因为他而失人的敬爱。他很想当面有所表白，而却一直未能见到慧远的面。
直到暮鼓已息，月上西墙时，方听见有缓慢、沉着而有韵律的步伐声，自远而近，终于在小沙弥一支红烛的引导之下，看到了白眉庞然的老和尚。
“师父，”他挣扎着从禅床坐起“弟子盼了你老人家一日；有几句心里的话待禀告。”
“我知道，我知道。”慧远摩着他的头顶说：“你的心事，我尽情知悉。你如今只安心养伤，等你好了，我自有区处。”
“多谢师父慈悲。只是，弟子又怎能安得下心？”
“不就是你那指头的心事么？”
“这自然也是。”明山想了好一会说“还有件事，弟子不敢说。”
“但说何妨！”
“弟子有个俗家的小朋友，亲如手足，弟子许了他的，一等有了空处，必得通知他来见一面。想他如今是朝思暮想，为弟子担忧。佛子不打诳语；照眼前的光景，是骗了他了。”
“我知道是何难以启齿的事！”慧远笑道：“出家不是绝情，为何不能通知你那小朋友。他姓什么？家住何处？”
“弟子不知道他姓什么，只知道他叫阿狗。住处么？”明山沉吟着，不好意思明告慧远，只到瓦子巷娼家，一问便知。
老和尚十分体贴，知道他涩于出口的缘故——他也听说过阿狗仗义奔走的那段故事，不过这等地方，如何通信，却成疑问。想了一会，只有先安慰了明山再说。
“你要告诉他什么话？说与我知，或者写信亦可，我叫人替你办妥就是。”
写信留下笔迹，口传又怕失真。明山决定只要求老和尚派人将阿狗找来见一面；同时说明，衙门里的公差，对瓦子巷很注意，可能会有人跟踪阿狗而来，所以这件事要办得隐秘。
“我知道了。”慧远答说“我答应了你，自会办得很妥当。你安心养伤；三五天之内，必教你如愿。”
于是，慧远打发一名极能干的香火道人，挑一担本山出产的笋干进城，直奔瓦子巷，问明了王九妈家，便在那里歇担吆喝，叫卖笋干。自午至暮，不见有如老和尚所说的，那样一个卖花的少年；只得投一家小客栈，暂且歇宿。
次日拂晓起身，依旧挑了担子到瓦子巷，找个平静之处歇足；心里在想，卖花必在清晨，如果这个把时辰，还不见那么一个少年，必是改行不卖花了。那便该如何区处？
正在寻思时，眼前一亮，但见一个矫捷的少年，提着一篮鲜花，正从面前经过，便不假思索地喊一声：“买花！”
那少年回身看了一眼“是你要买花？”他问。
“你可有干的玫瑰花？”
“我卖鲜花。你要干玫瑰也有，不过要等一会。”
“喔，”香火道人看清四下无人，开门见山地问道：“你可是阿狗？”
正是阿狗。他却先不肯承认，问一句：“你问他作啥？”
“有人托我带口信来。你如果不是阿狗，就算了！”
“阿狗是我兄弟，你跟我说也一样。”
“有个和尚在想念阿狗，请他去见一面。”
“喔，那个和尚叫明山么？”
这下可以完全确定，他就是阿狗，香火道人放低了声音说：“明山在虎跑寺挂单，请你去看他，你悄悄到虎跑寺来，求见方丈，自会有人接待。顶要紧的是，莫‘引鬼上门’！”
“我明白，我明白！”阿狗很高兴地说“至迟明日午前，我一定到。”
果然，阿狗如期而至。知客禀报方丈，老和尚吩咐，将他直接领到明山病榻之前。
“怎么？”阿狗吃惊地问：“你手上怎么了？”
“说来话长。兄弟，你先坐了，我请人打斋饭你吃。”
“我不饿。明山，还有个人在外头。”
“哪个？”
“王翠翘。”
明山大惊，不由得埋怨：“你怎么把她带了来？”
“不是我带她来的。只为她提起你来就淌眼泪，所以昨天有了你的消息，我就告诉她一声，哪知道她一定要跟着来！”
明山无奈，只问：“如今在哪里？”
“在大殿上烧香。”阿狗笑道：“‘烧香看和尚，一事两勾当。’”
被看的和尚，啼笑皆非，十分为难，想了好一会，认为唯一的办法，是禀知方丈作主。
慧远知道麻烦来了，也知道是个躲不过的麻烦，决定让他们见面。可是见面以后，会有怎么样的情事发生，他不能不顾虑，因而问道：“见了那位女施主，你打算跟她说些什么？”
“弟子告诉她，人已出家，孽缘已断；请她从今以后，只当弟子已不在此。”
“你有定力？”
这句话的分量很重，明山得要考量自己。想了一会，终于咬牙答说：“请师父考验。”
“好！你有把握，便让你们见面。”
“方丈！”知客抗议“女施主怎好与本寺僧众，私下会面。风声传出去，坏了本寺的名声，非同小可。”
“不碍！有我。”
老和尚是如此大包大揽地庇护，知客心知再争无用；只有用“敞开来，大家看”的办法，表明虽有纠缠，并无暧昧。主意打定，将明山带到大殿旁边，专门接待普通香客的地方，与王翠翘见面。
王翠翘是艳名四播的人物；那嫣视媚行的神态，早就吸引了无数香客，何况是跟个年轻和尚见面？所以客堂外面，挤满了看热闹的人，这就不但当事者，连阿狗亦替他们难堪。
“不可以！”阿狗突然警觉，趁王翠翘还未到达之际，奔进客堂对明山低声说道：“你们俩一谈起来，话中一定泄露机关，要闯大祸。”
“啊！说得是。”明山拔步就走，往客堂的角门溜了出去。
谁知一出门就撞见王翠翘，两人都站住了脚；王翠翘一见明山，头上光秃秃，脸上黄渣渣，心头涌起无限的酸楚，一张嘴就“哇”地哭出声来。
这一来闲人就不止于看热闹，是要听新闻去了；纷纷由走廊上涌入客室，挤出角门。阿狗人急智生，一面堵住门口；一面大声说道：“你们兄妹都不要伤心，好好说话。”
明山和王翠翘都被提醒了，彼此唤一声“哥哥，妹妹”然后明山说道：“妹妹！我看奇红尘，一定不回家了！你见着了我的面，也可以死心了。早早觅个归宿，我求菩萨保佑，得个好妹夫。”
“哥哥，”王翠翘收泪说道：“爹娘都赶到杭州来了，你不能这么狠心，说出家就出家！走，进城去见了爹娘再说。”
说着便动手去拉明山。他的手笼在袖子里，原是不想让她看见断指，那知她伸手一拉，恰好插着他的伤处，其痛彻骨；不由得便喊出声来。
“怎么？”王翠翘也是一惊。
明山心想，到此地步，索性让她看清了，反倒可以教她死心。因而将双手伸了出来，示以左掌。
解开布条，露出无指之处刚刚结疤的创痕，紫色的血迹混和着灰黄色的金创药末，形状丑陋而可怕。王翠翘大惊失色，立足不稳，亏得明山手快，扶了她一把，才不致晕倒。
见此光景，他实在于心不忍。但想到对慧远所作的誓言，看到旁观者惊诧的表情，想到以后若有麻烦，则不但害己而且害人，就不能不狠一狠心了。
“妹妹，”他说“这是我最后一次叫你。你看到了，骨肉已断，不能再续；我是在佛前许了愿的，非同小可，决无改变。你不要痴心了！走吧！”
说完，他掉转身子，头也不回地大踏步而去。王翠翘望着他的背影，惊得傻了；根本不曾想到该上前拉住他。时机稍纵即逝，等她醒悟，明山的背影已经消失。转念再回想他那几句话，绝情过甚，自知再也无能为力了。
“算了！走了吧！”阿狗来劝她“你没听他说，叫你不要痴心。”
王翠翘这时才感到委屈，叫得一声：“兄弟！”随即放声大哭。
“哭哭也好！”阿狗生来早慧，又出身贫贱；从小挨打挨骂，挨饿受苦，尝过百般世味，所以了解她此时的心境，不去强劝她止泪。
“各位施主请散散吧！”知客倒是放心了；而且真的相信明山与王翠翘是胞兄妹，不免另眼相看。将闲人请出去之后，唤了个10岁上下的小沙弥来服侍王翠翘，热手巾绞了一把又一把，王翠翘却始终不能拭干眼泪。
“够了，够了！”阿狗看看日色将西，怕赶不进城，不免急躁“莫非你前世欠了他几缸眼泪，还不清了？”
这句话却有意外的功效“哪个欠他的眼泪！”她霍地站起来“他说出家，我就当他死掉了！今天是来送葬的日子，我们回去。”
“好！”阿狗很大人模样地，从腰间掏出一块两把重的碎银子，放在桌上，向知客说道：“一份香金。请收了！”
这下倒提醒了王翠翘“对了！我也修修来世。”她说“知客师，请你拿缘簿来。”
等将缘簿取了来，王翠翘和阿狗都不能动笔，知客便濡笔以待，等他说了姓氏数目，好落簿子。
阿狗机警，抢着先问一句：“捐多少？”
“我捐20两银子。”
“她是明山和尚的亲妹妹，不过从小过继给舅舅，外婆家姓王，请写‘王氏’好了。”
知客点点头，提笔写了一行：“信女王氏乐助香金20两。”
搁笔相看，是等她付银子。阿狗也料定王翠翘不曾带着如许银子，便又抢在前面说了一句：“20两银子，准定明天送来。”
“不必了！”王翠翘接口，同时伸手去摘她的翡翠秋叶耳环“这对耳环，我是36两银子买的；献在菩萨面前，作价20两银子好了。”
“没有这个规矩。”知客气知分寸，不肯受此闺阁中的珍物“过一天，我得便到府上面领。请教，府上在哪里？”
“还是我叫我兄弟送来好了。”
阿狗知道王翠翘的用意，不愿透露“瓦子巷王九妈家”这7个字。可是，看热闹的人之中，自有识得王翠翘的；谈论之间，少不得有和尚听见，因而也就瞒不住知客了。
凡是知客，不比其他僧众，持戒清修，不问尘世是非；知客应接施主，熟悉世务，而且见多识广，胸中自有丘壑。起先信了阿狗的话，真当明山有这么一位绝色的胞妹；及至听说就是红极一时的名妓王翠翘，便越想越蹊跷，越想越不安，觉得不能不跟方丈去谈一谈。
疑问当然很多，慧远大致亦都默认，却就是没有一句切实的话，那态度仿佛听而不闻，视而不见似地。
知客可真忍不住了“方丈，”他神色严重地说“明山的来历一定要追究！莫害了一寺僧众。”
“不会！”慧远到这时才有答复“一切有我。至于明山，大有来历，你不必追究。”
这竟是有意庇护。知客气得说不出话，心里在想，这不知哪里来的野和尚，竟说他“大有来历”莫非西天活佛转世不成？且等着看！一旦出了麻烦，倒要看老和尚如何摆布？这也不过是一时气愤，有些幸灾乐祸的念头。过得几日，平心静气想一想，毕竟还是不希望有麻烦出现。然而事与愿违，麻烦似乎终于不免——牛道存突然来了。
“牛施主，你好忙的人，怎得闲来拜佛？”知客刻意敷衍“来，来！请到我那里坐；没有好东西供养，吃碗桂花栗子。”
虎跑之北，地名“满觉衖”遍植桂花，不下万树之多；又种栗树，结实正当桂花盛放之时，所以栗子天然带有桂花香味，是进贡的名物，极其珍贵。然而牛道存却并不领情——是没有功夫领他的情；“知客师，谢谢了！改天来叨扰。”他说“有个挂单的和尚叫明山，请你唤出来，我见他一面。”
坏了！知客心里在说，这件事只有老和尚才作得了主。不过，这话不便跟牛道存说，惟有先支吾着再说。
“呃，本寺挂单的和尚很多，待我查一查，若有个叫明山的，我马上唤他来见。牛施主，请宽坐，请宽坐！”
一面说，一面倒退着，出了禅房，迳奔方丈，求见慧远。
“方丈，祸事来了！钱塘县的刑房书办牛道存，指名要见明山，如今在那里立等。请示，怎的打发这个魔头。”
“不要紧！”慧远是胸有成竹模样“你请他到方丈！我与他说话。”
知客自然照办。将牛道存延入方丈，慧远吩咐知客及所有的侍者，一律回避，然后与牛道存密谈了将近一个时辰，终于将他打发走了。
这使得知客不能不佩服老和尚的神通，因而也就不能不容忍他对明山的另眼相看。当然，明山的一切，神秘莫测；在知客始终保持着好奇与警觉，暗中格外留心，是不消说得的。
越留心，越觉神秘——就在牛道存来访的第二天开始，方丈中每日深夜，灯火荧然；室中只有老和尚与明山，一个高坐禅床，一个伏身薄团，相向而语，声音低微，一谈便是一宵。接连3天，天天如此，不知参的什么禅？
不久，明山断指的创痕平复，而且养得又白又胖。一天飘然远行，不知去向；知客实在忍不住了，谒见方丈，请问究竟。
“我跟你说实话，明山的来龙去脉，我不能完全告诉你。我先问你，你对他知道多少？”
“丝毫不知。”知客直抒所感“只看出他是个祸根，迟早必生事故。”
“佛门广大，普度有缘。明山本性不昧，是个有大智慧的；不过，菩萨心肠亦须有英雄手段，方能护国救民。明山如今去办一件大事，这件事成功了，可救多少生家。你早晚多念几卷经，求佛力庇护明山成功。”
越说越玄了，知客不肯罢休，逼着问道：“弟子滥竽知客的职司，一切世务皆当注意，反而是本寺的家务，不得过问。弟子自觉有愧职司。”
“你要‘将’我的‘军’了！”慧远笑道“罢，罢！你莫生嗔，我与你略说一二。你可知明山是何许人？”
“请方丈开示。”
“他叫徐——海。”
“他就是徐海？”知客大吃一惊，脸上的颜色都变了。
“是的，他就是牛道存要找的徐海。那天我跟牛道存说：断指以后的徐海，不是从前的徐海了。且不说与人为善，你该放松一步；就拿公事来说，亦正有用得着徐海之处。牛道存听我的劝，不再追究。所以你可以放心，麻烦过去了，往后决不会出什么事故。”
“原来如此！”知客放了一半心“那么明山呢？如今去了哪里？”
“到徽州去了。”慧远答说“他就是去办一件大事，劝说汪直来归顺朝廷。”
“这样的大事！”知客惊问“方丈，你老做这件事，官府可知道？”
“大概知道。”慧远答说：“我跟牛道存谈过，请他密陈知县——”
知客抢着说道：“知县那里作得了主？”
“不须知县作主。汪直若是跟着明山来了，束身待罪，便是知县的大功一件。”
“若是不来呢？”
慧远笑笑答说：“那就连我都不知道了。”
知客知道老和尚是推托。他与明山连谈三个通宵，当然都打算到了；想来事关重大，不便透露，也怪不得他。知客只说：“如今弟子也算参与机密了，往后有事商量，弟子总可以出出主意，奔走奔走。”
“当然，当然！我一定跟你商量。不过，也只跟你一个人商量。”
“弟子有分寸的。这样的大事，弟子决不敢泄露一言半语。”
明山一去数月，是打算用水磨功夫，相度机宜，适时劝导，彻底将汪直说服，归顺朝廷。而为山九仞，却以福建方面起了极大波澜，以致功亏一篑。
原来朱纨自剿平双屿，而汪直脱逃，细察缘由，越发自信“去外国盗易，去中国盗难，去中国濒海之盗犹易，去中国衣冠之盗尤难”的看法，丝毫不误。也因此，更坚持自己的一惯做法：全力去中国衣冠之盗，外国之盗，自能绝迹。
衣冠之盗之难去，不仅因为在乡的衣冠缙绅，为外国之盗及中国濒海之盗的东道主，更因为朝中的大臣言官，亦隐相包庇之故。尤其是福建籍的言官，要跟朱纨为难，非常容易。加以严嵩将首辅夏言攻倒杀害，权倾一时；吏部尚书闻渊，不安于位，告老回乡，文官的人事权，便由严嵩的党羽所接掌，接纳了福建籍御史周亮与给事中叶镗的建议，将朱纨的职称由“巡抚”改为“巡视”一字之差，权柄大减，属吏指挥不动，命令就大打折扣了。
朱纨大为气愤，上疏力争，措词不免偏激；似乎满朝的福建人和浙江人都是奸臣。因而闽、浙两省的士大夫，大起反感。而朱纨毫无所惧；在福建沿海逮捕了通番有据的乡绅96人，绑到演武场中，大炮之声，人头滚滚，刀下一个不留。
这件事做得痛快是痛快，而魄力到底太大了一些。福建的势豪之家，恨之刺骨；于是由御史陈九德发难，严劾朱纨擅杀。周亮等亦上本攻击朱纨“措施乖方，专杀启衅”；笔锋当然亦指向都指挥使卢镗及福建防海副使柯乔，因为那96个汉奸，就是卢、柯二人去抓来的。
这一案太大了，皇帝降旨：朱纨暂行解职，回原籍听候查勘。并派给事中杜汝祯及原在福建的巡按御史陈宗夔调查奏复。京信到达浙江，朱纨知道自己失足了。他唯一的凭藉是靠皇帝的信任；而这一信任，显然已经失去了。
“我既贫且病，而且自己知道脾气倔强，决不肯跟奸党对簿公堂！”他痛哭流涕地向亲近僚属说道：“我是死定了！即使天子不要我死，福建、浙江的人亦非杀我不可。要死我自己死，为什么要死在他人手里？”
于是自营生圹，还作了相等于墓志的圹誌；然后写下绝命词，服毒自杀。等杜汝祯与陈宗夔从福建按问完毕，回京复命，说朱纨所杀的，不过从事走私的奸民，并无必杀之理。坐实了“擅杀”的罪名。朝中降旨，逮捕朱纨下狱时，朱纨已经下棺材，入墓地了。
朱纨一死，汉奸得志，沿海的土豪劣绅，奔走相告，兴奋不已。在这样令志士丧气的情况之下，汪直不但不听徐海的规劝，反而劝徐海与他一起，再度“落水”徐海摇首不答，第二天悄然离开徽州。不久，汪直也走了，纠合旧部，重新回到普陀一带的旧巢；而一度悬为厉禁的“海禁”也就在这时候开放了。
于是，嘉靖三十一年四月，倭寇在汪直接应之下，侵入浙东的台州，南奇黄严，北掠定海。守土有责的地方官，除了飞章告急以外，束手无策。
为了用兵而设的“浙江巡视”这个职司，自朱纨死后，原已裁撤，此时因为倭患日亟，朝廷决定恢复设置；并将新任山东巡抚王忬调到浙江。他的全衔是：“提督军务，巡视浙江海道及福、兴、漳、泉地方”；这就是说，福建沿海的福州、兴化、漳州、泉州四府，亦归王忬管辖。
王忬字民应，江苏太仓人，两榜进士出身。一向在山西、河北等地做官。当时北方的大患，是来自河套的俺答——鞑靼，也就是蒙古一部落的酋长，拥有十几万骑兵，屡次入寇宣化、大同一带，嘉靖二十九年夏天，甚至侵入古北口，直薄京师，震动九重。正当顺天巡按御史的王忬，防守通州，调度有方，深得皇帝的赏识，这一次将他由山东调到浙江，无疑地，是信任他必能担当剿倭的重任。
王忬亦不负期望。京书一到，当日动身，轻车简从地到了杭州，毫无动静，只是观察。他发现浙江人太柔弱，打仗很不在行；又发觉自己的职权还不足有力地督率官吏将士。要将浙江人振作起来，不是短时间所能办得到的，他认为自己第一件该做的事，是请求皇帝扩大授权。
于是，王忬亲笔起草，专差呈递一道奏章，建议四点：第一、有“便宜行事”之权，该杀该赏，一己可以专决；第二、勾结倭寇，作为内应，定罪宜严；第三、官兵作战，必有损失，胜固应赏，即使打了败仗，定罪宜宽；第四、倭寇及通番的海盗，是应该剿灭还是应该招抚，临事而定，不必拘泥。
皇帝对这四个要求，完全批准，同时降旨，将朱纨任内所贬的职称恢复——王忬不再是浙江巡视，而是浙江巡抚了。
接下来的一件大事是选将。王忬就地取材，重用四员大将，第一个是福建晋江籍的俞大猷。此人学书学剑，深通兵法，是大将之才。
第二个叫汤克宽，邳州卫人，是武将世家，他的父亲汤庆，做过防守长江的江防总兵官。汤克宽骁勇善战，原已做到副总兵，驻扎金山卫，嘉靖三十一年，倭寇由台州北上，流窜各地，汤克宽作战失利，被参革职。王忬不以一时的成败论英雄，保他为浙西参将。
第三个就是卢镗，赦免前罪，官复原职。第四个名叫尹凤，是南京人，参加武科考试，乡试与会试都是第一，也就是武解元与武会元，因而由世袭的指挥同知擢升为都指挥金事，驻军福建。不幸牵涉在一件贪污案子中，被捕下狱，朱纨查察案情，尹凤的过失并不严重，便为他出奏乞恩，得以释故复职，仍旧派到福建沿海，统领闽军“备倭”
有将无兵，还是无济于事。王忬认为浙西民风文弱，不能练成劲卒，决定招募温州、台州沿海之地的剽悍壮丁，分隶四员大将之下，遍驻浙闽沿海各要地。同时宽筹粮饷，申明军纪；恩威并用，士气大振，浙江的民心，亦就此安定下来了。
此外，王忬又下了两道命令，一是看形势险易，分别缓急，将浙江、福建沿海没有城池的县分，发动民工，建筑新城。一道是严禁通倭，倘或违令而获有证据的，必遭家奇人亡之祸——这是朱纨所施行过的手段；王忬如法炮制而安然无恙，就因为他有皇帝的支持，所以朝中的“衣冠之盗”无奈其何。
这样半年的功夫，部署已定，而汪直所勾结的倭寇，亦已到达浙东海面。王忬得到谍报，决定采取主动，制敌机先。于是派俞大猷率领精兵先发；汤克宽用大船运重兵后继；尹凤在福建海面拦截；卢镗一军作后备，相机支援。
三十二年三月里的一个月夜，官军发动突袭，攻奇汪直设在普陀的巢穴；倭寇仓皇觅船逃走，官军奋勇追杀，斩首150余级，生擒140多人，溺死在海中的不知其数。那知到了后半夜，忽然台风大作，官军呼应不灵，乱了阵脚，汪直趁机逃走；船到福建外海，尹凤已经勒兵以待，大大地打了一个胜仗。
于是，这一年之中，倭寇与海盗便在东南各地流窜了。汪直余党在温州、台州、宁波、绍兴之间，狼奔豕突；汤克宽忽而海上，忽而陆地，跟在后面，穷追猛打。最后，汪直移舟北犯松江、苏州；那两府是富饶之区，汪直大大地掳掠了一番捆载下船，直奔日本的五岛列岛。
另一股是由一名既凶且狡的海盗头目萧显领头，其中有400多名倭寇，由浙江的海盐，循海岸直脾气东，在南汇、川沙两县大肆屠杀。王忬命卢镗间道兼程猛攻，终于阵斩了萧显。余党回窜浙江，为俞大猷一道一道的伏兵所截击，几乎全数消灭。
到了10月里，新来一批倭寇攻江苏太仓。太仓的城池坚固，无法攻奇，转而骚扰邻县，其中有一股300多人，流窜到浙江平湖，那里港汉纵横，地形复杂，追剿非常不便；已经升任总兵的汤克宽只能采取以静制胜的策略，以致相持数月，徒劳无功。到了下一年，也就是嘉靖三十三年的春天，战局终于起了突变。
直接的原因是，这年的春天，气候失常，春行夏令，发生瘟疫，官军营中，不断有尸首抬出来。人人自危，士气低落，于是倭寇得以突围，分两路流窜。
一路是在苏州、松江两府各地，杀人放火，掳掠财货；一路是夺民船入海，复回长江，在南海、如皋、海门等州县，大肆荼毒，且有少数在山东海口登陆的。
山东往北，便近京畿，朝廷大为恐慌。因而有人建议，应该扩大军事编制，设置总督；同时加紧征调狼土兵，增援浙江。
皇帝接纳了这个建议，指派南京兵部尚书张经，总督浙江、福建、南畿军务。所谓南畿是指南京附近的地区；这也就是说，张经管辖的地方，包括浙江、福建两省及长江以南的膏腴之地，苏州、松江、太仓等地在内。
张经是福州人，曾经总督两广，恩威为狼土兵所信服，所以派他担当此一艰巨的任务。敕令中指出：张经“节制天下之半，便宜从事，得开府置幕，自辟参佐”俨然是唐朝割据一方的藩镇了。
与此同时，王忬的职务亦有变动。原来前一年的10月，正当倭寇攻太仓时，北方的局势亦突然吃紧——俺答派兵20万，进攻古北口；蓟辽总督杨博亲自督率将士，日夜巡城，多方坚守，俺答见形势不利，悄然退去。而在下一年春天，有卷土重来的模样，此时杨博已经升为兵部尚书，皇帝决定调王忬巡抚大同，而以徐州兵备副使李天宠，接替王忬的遗缺。
设总督，换巡抚，而“代天巡方”职权可大可小的浙江巡按御史亦换了人，新任巡按是汪直的同乡，籍隶安徽绩溪的胡宗宪。浙江的局面，完全变过了。