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一场中医存废之争，再次引发了中医是否是科学的争论。中医存废之争从20世纪初就已经开始。1879年俞樾首先发难，发表废医论，主张废除中医。
1914年汪大燮以国民政府教育总长的身份提出废止中医中药。1929年俞云岫以中央卫生委员的身份再次提出全面废除中医，结果其议案因为当时中医界反对激烈而无疾而终。
笔者看了一下废止中医的历史观点，发现现在的告别中医论争跟一百年前那场轰轰烈烈的“废医”运动相比已经不可同日而语。当时是“自上而下”国父孙中山，国民政府教育总长，中央卫生委员，行政院长即汪精卫等等政府大员坚决反对中医，要求废止中医中药。外加一批文化精英，学术大师为之摇旗呐喊，如大名鼎鼎的梁启超，鲁迅，胡适，傅斯年等人。现在的论争却还是“民间运动”方舟子，罗永浩，张功耀这些“废医”旗手都是“处江湖之远”的民间人士或声名不彰的教授学者。而官方（卫生部）的态度却与其一百年前的前辈截然相反，认为中医是中国的国粹，也是科学，需要保护和发扬。
张功耀教授在其个人博客里详细论述自己的主张时就将中医和西医进行对比后指出，西医因果关系明确，原理清楚，而中医虽然有些成功的案例，但这些案例的效果具有偶然性，所谓的有效并不能直接还原到实验中，鉴于中医疗法的不确定，所以应当退出国家医疗体制。大张旗鼓支持废止中医的知名科学家大概只有物理学家何祚庥院士，他支持对中医进行批评，认为评论中医的准则就是是否符合科学的原理和精神。
鲁迅说：中医不过是有意或无意的骗子罢了。对于这句话，方舟子补充道，鲁迅那时，中医恐怕多是无意骗人，因为他们并不知道自己那一套不是那么灵光，也不知道为什么；现在的中医则多半是有意骗人，因为他们大多明知道有真正有效的治疗手段却还要装模作样的骗人钱财，更贻误病情以至损害病人健康。
中医到底是否科学，是否是在延误病情，是否是有意无意的骗子，中医是否应该废止，笔者不想妄下结论。但中医的弊端却是显而易见的，一门科学，必须是不断发展的学问，今天人们对月球的理解和当年先知的认识已经不可同日而语，但我们不能说先知的认识完全错误。现代医学的发展可谓突飞猛进。往往一门专业医学学科五年一大变，十年几乎就是一次飞跃，许多十年前认为不可治的疾病，现在已经取得极大进展，例如曾经人人闻之色变的癌症，现在已经有40-60%已经可以治愈，尽管我们对肺癌、肝癌的治疗效果仍不理想，相信这个比率会进一步提高，这些绝非中医可以企及。也许你可以说现在医学连普通的感冒也无法治愈，完全依靠人体自身的抵抗力，象肝炎、艾滋病、狂犬病等病毒性疾病医学几乎是束手无策和被动的，只能对症治疗，但中医可以治愈吗？我们必须承认，西医所不能的，中医更不能。
当年苏格拉底创导了现代医学，现在和伟大医学家苏格拉底的时代已经完全不同，任何一个医学生今天的医学水平都会超越苏格拉底。但是中医呢？谁敢说我们今天的中医大师和中医一定远远超过孙思邈、张仲景、李时珍这些伟大的中医医学家。一个完全没有发展的学问能算真正的科学吗？如果中医也十年一大变，五年一个突破，中医能会有被废止的处境吗？
同时，中医中药的非正常进入临床造成了临床极大混乱，通常一个药品进入临床需要十几年甚至几十年的临床试验阶段，而事实是，在没有经过严格的动物实验，临床试验的情况下批准了那么多有强毒副作用的中成药，像牛黄解毒丸，龙胆泻肝丸，安宫牛黄丸，鱼腥草注射剂等等。而人们传统却认为中药没有毒副作用，多么可怕。
笔者这样说并非要求废止中医中药，但中医中药必须同样严格要求，科学没有国界，作为一门科学必须以科学的精神去对待。作为那些被奉为中医至宝的中医理论，应该得到发展和扬弃，进入现代科学的体系之中，中药是中华民族的瑰宝，我们需要投入巨大的精力去开发和研究，中医必将开出明艳的花朵。同样中医中药并非一无是处，他仍有很多治疗非常有效，值得进一步研究，但我们必须看到他的局限性，除非他得到飞跃式发展，否则，中医只能是象理疗一样的作为辅助治疗手段，中医中药不能简单的废止，而应得到保护性发展和研究。
随着科技的发展特别是生物科技的发展，中医这一基于人类对病痛等自然现象模糊认识而建立起来的“模糊科学”必将受到越来越多的“明白科学”的挑战。没有一门科学是某个民族所独有的，只要是科学就能得到全人类的接受和应用，在医学这一涉及人类健康和生命问题的科学上，不应当有国别、民族和文化传统之分，强调中医的国粹性并将其等同于科学性，这种逻辑本身就是不科学的。中医中药不能逃避挑战，如果最终结果能够证明中医的大部分具有科学性和可靠性，那么这是中国文化也是世界医学的大幸，如果结果相反，我们也大可不必哀叹，因为，那是人类纠正错误走向科学的必然，它应该值得庆幸。